A segunda parte do mangá (ou Parte II) também ganhou adaptação para anime, porém com o título de Naruto Shippuden, exibido desde 15 de fevereiro de 2007 pela TV Tokyo e posteriormente pelo Animax. Nos Estados Unidos, a série começou a ser exibida em 28 de outubro de 2009 pelo Disney XD, com os primeiros quatro episódios, lutando pela audiência com o Cartoon Network.